Si entras a Pokémon Shuffle desde hace unas horas, verás que es necesario descargar la versión 1.2 desde la eShop (y posteriormente usar Registro para actualizar a la versión 1.2.1 y recuperar los eventos).
- Contador de Corazones: Ahora hay dos contadores de Corazones: el de la izquierda se rellena como siempre, dejando pasar el tiempo y con un máximo de 5, mientras que el de la derecha se rellena con StreetPass y Joyas. El juego siempre usará primero los corazones de la izquierda. Además, el juego te transfiere 5 corazones a la derecha para probar este sistema.
- Ocasión de Oro: Además del incremento por tiempo o turnos, y del correspondiente a la Super Ball, en ocasiones aparecerá la Ocasión de Oro para aumentar aún más la probabilidad de captura del Pokémon.
- Caramelos de Megaevolución: Los Pokémon con Megaevolución ahora cuentan con un contador de Caramelos para ir mejorando la velocidad a la que se completa su barra de megaevolución en juego.
- Sábados y domingos: Meowth seguirá apareciendo los domingos para darnos Monedas, pero ahora los sábados aparecerá Victini para hacernos ganar mucha experiencia.
- Futuras Fases: El juego tiene programadas la competición de Mega-Venusaur para este 29 de mayo y una nueva fase de Giratina Forma Alterada.
- Interfaz de usuario: Pequeños detalles como que el nivel y experiencia de cada Pokémon aparecen ahora en la selección de Pokémon para la fase, el visionado de la ficha del Pokémon tras capturarlo, que ya no te mandan a la última fase al cambiar de tipo de fase sino a la última en la que estuvieses (Meowth, bien hecho) o que se salga automáticamente Mewtwo como Megaevolución.
- Prevención de trucos: El juego ahora impide que se abuse del menú Home para aumentar los movimientos en competiciones y fases por tiempo, e incluso hay un nuevo sistema de sanciones para tramposos con la posible expulsión de competiciones.